竹ヶ島海域公園は徳島県と高知県の県境に位置する竹ヶ島の西側の静穏な海域に サンゴの一種であるエダミドリイシの高被度群集が見られる地区として1972年に海中公園(海域公園)の指定を受けています。

しかし、徳島県が断続的に実施してきた環境調査によりエダミドリイシが激減し、 海域公園としての資質が失われつつあることが明らかになりました。(2003年)

地球温暖化等の影響、過去20年の間に防波堤がいくつも設置されたことによる海水交換の低下などが原因と考えられています。
このような状況のもと、2004年に自然再生に向けた委員会が設置され、様々な調査・検討が行われ、2005年9月には竹ヶ島海域公園自然再生協議会が設立されました。